三年学徒期满后，冯根生在胡庆余堂当过营业员、车间工人、采购员、仓库保管员，也担任过生物制品车间、人保科和制胶车间的负责人，极大地丰富了他的阅历，提高了他各方面的能力。

　　冯根生的事业从1972年开始，他是毛泽东时代的厂长至今唯一的幸存者。

　　1972年7月，杭州胡庆余堂一分为二，位于市区的母厂更名为杭州中药厂，位于西郊的制胶车间自立门户，升格为杭州中药二厂。当时的制胶车间实际上只是个破旧的作坊式工场，几十名药工在那煎熬驴皮胶，生产酊水糖浆，连一台电动机都没有，总资产只有37万元。在胡庆余堂的9个副厂长、副书记都不愿到条件极为艰苦的郊区工厂去的情况下，时任制胶车间主任的冯根生被任命为杭州中药二厂厂长。

　　建厂不久，就有一个药品检查组来检查，说这哪像生产药的地方，倒像电影《夜半歌声》里的破庙。这话如冷箭插心，在冯根生脑海中闪出两个字“耻辱”。国宝被人看不起，搞中药的被人看不起，这个滋味冯根生受不了，他对全厂职工放出“大话”：十年内，要把杭州中药二厂建成全国一流中药企业。冯根生的誓言没有赢来掌声，大概是面对乱石满岗、荒草连地的环境，面对土灶、木桶、淘箩、铁锅等陈旧原始的生产工具，职工们觉得这话太渺茫了，他们实在无法将眼前的烂摊子与冯根生的“第一流”联系起来。

　　1972年10月，冯根生改造工厂的行动开始了。那时，杭州中药二厂穷得连一袋水泥都要向邻居啤酒厂借，其他材料也要靠情面化缘得来，但他们还是克服艰辛修了路，翻建了厂房。在“文化大革命”那个年代，抓生产是要冒政治风险的，在冯根生改变工厂面貌的过程中，就有人将大字报贴在了他的办公室门口。冯根生为什么要冒个人政治风险去做？首先是基于强烈的紧迫感，他想尽快改变工厂落后面貌，他更担忧曾有人断言：“中医中药，生长在中国，开花在日本，结果在韩国，收获在美国”。他是一个立志献身中药事业的人，对此当然绝不会等闲视之。

　　中药是地地道道的国粹，有几千年历史。冯根生搞中药的独到之处，是“厚古厚今”，即他置身于传统，但能突破传统，从传统中找出路，将传统与现代紧密结合。

　　为冲刺目标，冯根生作出了三条决策：

　　——造就一支中药研究队伍；

　　——提升中药制药机械制造；

　　——建设一个不逊于西药厂的“中药城”。

　　这就是具体化了的冯根生认为的“一流中药企业”。

　　从1973年开始，冯根生广揽人才，求贤若渴。被说成是“臭老九”的知识分子那时没人敢要，看到“臭老九”都怕，他要了。第一个要来，冯根生被批斗得要死，他说：再要1个、2个反正也挨批斗，索性5个、10个全要了，这叫“死不悔改”。有一位50年代初在北医大毕业的女同志，因家庭困难想从山西调来杭州工作，“人间天堂”是那么好进的吗？她跑了十多个单位都失望了，就在她心灰意冷之际，见到了冯根生，当冯根生听说她在山西一直搞西药合成和植物提取，懂两门外语时，当即决定尽快帮她办好一切调入手续。她后来成为杭州中药二厂的总工程师。从1972年到1976年这段时间，冯根生从全国招来的各类工程师及技术精英达36个，自认为是发了一笔横财。